II Wojna Światowa wybuchła 1 września 1939 roku. Rozpoczęła się napadem wojsk niemieckich na Polskę. 17 września na walczącą z Niemcami Polskę, uderzył od wschodu Związek Radziecki. W wyniku napaści, dwóch największych militarnie potęg świata, po prawie całym miesiącu walk, Polska została pokonana.
Na podstawie zawartego pomiędzy agresorami 23 sierpnia 1939 roku porozumienia, znanego jako „Pakt Ribbentrop – Mołotow”, podzielono Polskę na dwie strefy okupacyjne. Rosyjska strefa okupacyjna obejmowała wschodnie tereny Rzeczypospolitej, do linii Sanu, Bugu, Narwi, i biegła aż do Prus Wschodnich.
Po odbytej 22 września 1939 roku w Brześciu Litewskim wspólnej paradzie zwycięstwa, Niemcy i Rosja zawarły kolejne porozumienie. „Umowę w sprawie granic i przyjaźni” podpisano 28 września 1939 roku. III Rzesza i Związek Radziecki zobowiązały się do wspólnej likwidacji państwa Polskiego. Po pokonaniu Wojska Polskiego i zajęciu terytorium państwa przystąpiono wspólnie do likwidacji Polskiej państwowości. Postanowiono osiągnąć to przez wymordowanie elit wojskowych, policyjnych, politycznych, intelektualnych. Inne grupy społeczne planowano wyniszczyć poprzez niewolniczą pracę w nieludzkich warunkach.
W miarę poznawania przez najeźdźców zajętego terenu, w obu strefach okupacyjnych terror rósł z miesiąca na miesiąc. Pacyfikacje, aresztowania, egzekucje były chlebem codziennym. Represje w Rosyjskiej strefie okupacyjnej rozpoczęły się już we wrześniu 1939 roku. Schwytanych polskich jeńców wojennych poddano segregacji. Żołnierzy zawodowych, oficerów rezerwy oraz inteligentów zamknięto w obozach, szeregowych żołnierzy zwolniono. Wcześniej wszystkich starannie przesłuchano. Aby wyłapać ukrywających się w masie żołnierskiej oficerów, NKWD stosowało różne podstępne sposoby. Takim przykładem jest obóz w Ostaszkowie. W obozie jenieckim w Ostaszkowie wybudowano barak i ogłoszono, że jest on przeznaczony dla oficerów. Oficerom zezwolono wziąć z sobą ordynansa, zapewniono też opał i lepsze jedzenie. Gdy po pewnym czasie barak zapełnił się, w nocy ogrodzono go drutem kolczastym. Wszyscy jego mieszkańcy zostali zamordowani.
Późną jesienią 1939 roku rozpoczęły się aresztowania wojskowych, policjantów, urzędników, leśniczych. Spacyfikowano też powstający Związek Walki Zbrojnej. Aresztowano setki konspiratorów. Trzymano ich wszystkich w więzieniu w Białymstoku, przy dzisiejszej ulicy Kopernika, poddano ich również śledztwu. Byli bici i zastraszani. Chodziło o to, aby uzyskać informacje o ich rodzinach, znajomych. Na podstawie tych informacji, oraz informacji zebranych przez wywiad czy informacji z donosów zwolenników nowej władzy, powstawały listy deportacyjne. Największą liczbę osób wywieziono 10 lutego i 13 kwietnia 1940 roku. Były to głównie rodziny osób zatrzymanych w obozach i więzieniach. W trzeciej akcji deportacji, w czerwcu 1941 roku wywożono głównie osoby ze wsi, tzw. „kułaków”, oraz wrogów tzw. „władzy radzieckiej”. Ludność wywieziona z naszej gminy osiedlana była najczęściej na Syberii lub Kazachstanie. Prawie każda rodzina straciła kogoś na zesłaniu. Głównie umierały starsze osoby i dzieci nie wytrzymując zimna, głodu i chorób. Z naszych stron zginęło kilku mężczyzn walcząc w armii Andersa lub Ludowego Wojska Polskiego. Najwięcej osób wywieziono ze wsi szlacheckich takich jak Złotoria, a najmniej, lub wcale ze wsi włościańskich takich jak Pańki, Konowały czy Rogowo. Spacyfikowana została też wieś Majątek Rogowo, prawdopodobnie z uwagi na dobrze rozwinięte podziemie Armii Krajowej i Narodowych Sił Zbrojnych. We wsi Izbiszcze kilka rodzin miało wyznaczony termin deportacji na poniedziałek 23 lipca 1941 roku. Sporządzone były już protokoły przekazujące gospodarstwa na rzecz gminy, nie doszło do tego z powodu ataku niemieckiego.
Dwie pierwsze deportacje dokonane zostały w warunkach surowej zimy. Miesięczna podróż w bydlęcych wagonach, bez ogrzewania i jedzenia spowodowały śmierć wielu ludzi. Tak samo było już na miejscu. Fatalne warunki mieszkaniowe, katorżnicza praca i wszechobecny głód i strach zbierały śmiertelne żniwo. Tak było wszędzie, gdzie osiedlono Polaków. Obojętnie czy w Pawłodarze, Krasnojarsku, Irkucku, Nowosybirsku, Bijsku, Toporku, Kwitoku czy Archangielsku.
Powroty rozpoczęły się jesienią 1944 roku. Główna fala powrotów do domu trwała przez cały 1945 i 1946 rok. Zdarzały się też powroty w 1950 roku. Najpóźniej na Syberię został wywieziony, bo dopiero w 1951 roku Tadeusz Chudzik i najpóźniej przyjechał on do Choroszczy , a było to w 1956 roku. Po powrocie w rodzinne strony, wiele rodzin znalazło się w dramatycznej sytuacji. Zniszczone domy, budynki gospodarcze, rozgrabione wyposażenie, brak zwierząt, brak narzędzi stawiały ich w trudnym położeniu. Zastali też nową „ludową władzę”, która właśnie krwawo rozprawiała się z opozycją. Zmęczeni wojną ludzie, chcieli tylko spokojnie żyć. Każdy patrzył skąd wziąć chleb dla dzieci i jak zabezpieczyć dach nad głową dla rodziny. Jakby mało było powojennej biedy, w tej nowej socjalistycznej rzeczywistości, nie wolno było głośno mówić o krzywdzie, jaka spotkała wywiezionych. Głośno, to można było tylko nowy ustrój chwalić.
Zmieniło się to dopiero w latach osiemdziesiątych dwudziestego wieku, wraz z powstaniem Solidarności. Zaczęły wtedy powstawać różne organizacje kombatanckie i stowarzyszenia. Wtedy też powstał związek zrzeszający byłych zesłańców na Syberię i do Kazachstanu.
Koło terenowe Związku Sybiraków w Choroszczy powstało w 1989 roku. Było to możliwe dzięki zmianom politycznym w naszym kraju, które zaowocowały zwiększeniem zakresu swobód obywatelskich. Inicjatywa powołania osobnego koła wyszła z zarządu białostockiego Związku Sybiraków. Potrzeba powołania koła w Choroszczy wynikała z faktu, że z terenu gminy Choroszcz Rosjanie wywieźli na Syberię dużą ilość mieszkańców. Własne koło było dużym ułatwieniem dla starszych z reguły członków. Głównymi założycielami koła w Choroszczy był Jarosław Romanowski i Leopold Antonowicz. Wszyscy wywiezieni z Choroszczy znali się, więc wystarczyło spotkanym na ulicy, czy pod kościołem rozpowiedzieć o powstaniu związku, aby zaczęli się zgłaszać kandydaci do wstąpienia do organizacji.
Warunkiem przystąpienia do związku był udowodniony pobyt w Rosji jako zesłańca. Wszyscy chętni musieli przedstawić posiadane dokumenty, uzupełniane zaświadczeniami osób, które razem tam były. Kto dokumentów nie miał, to szukał ich w archiwach polskich, białoruskich i rosyjskich. Bardzo przydawały się też zdjęcia z miejsc zesłania. Wszystkie te deklaracje i dokumenty były weryfikowane przez komisję powołaną przy zarządzie Oddziału Wojewódzkiego w Białymstoku. Gdy wszystkie formalne problemy zostały pokonane, odbyło się, w budynku Urzędu Miejskiego w Choroszczy, zebranie założycielskie.
Powołano zarząd Koła Terenowego Związku Sybiraków. Prezesem został Leopold Antonowicz, sekretarzem Stanisław Turoń, skarbnikiem Ewa Jeżyna. Funkcję prezesa pełnili też Jarosław Werpachowski i Irena Romańczuk. Obecnie prezesem jest Albin Mielewski, sekretarzem Wanda Romanowska -Kusocińska, skarbnikiem Ewa Jeżyna. Do związku zapisały się 52 osoby pochodzące z Choroszczy i pobliskich wsi. Koło Związku Sybiraków powstało bardzo późno, bo po 44 latach po wojnie. Liczba osób zapisanych do związku, nie oddaje w żaden sposób skali wywózek z naszego terenu, na nieludzką ziemię.
Rzeczą zrozumiałą jest, że wiele osób więzionych na Syberii, czy w Kazachstanie, nie dożyło powstania związku. Drugą grupę stanowią osoby zmarłe na zesłaniu, które nie wytrzymały warunków życia oraz ciężkiej, ponad siły pracy. Trzecią grupą są osoby, które po powrocie do kraju, osiedliły się w innych częściach Polski. Były też osoby, które nie zapisały się do związku z obawy, aby ponownie nie trafić na zesłanie.